爱河：鼓山区、苓雅区

        后堀溪

        后劲溪：楠梓区

        隘寮溪

        二仁溪：台南市南区、高雄市茄萣区

        二仁溪：南区、高雄市茄萣区

        金崙溪：太麻里乡

        旧虎尾溪：台西乡、四湖乡

        东港溪：新园乡、东港镇

        北港溪：云林县口湖乡、嘉义县东石乡

        乌万溪（大鸟溪）：大武乡

        北港溪：口湖乡、嘉义县东石乡

        八掌溪：布袋镇、台南市北门区

        枋山溪：枋山乡

        三叠溪

        盐水溪：安南区、安平区

        内寮溪：枋寮乡

        大竹溪：大武乡、太麻里乡

        台南市

        竹坑溪：枋山乡、车城乡

        加走寮溪

        南势湖溪：枋山乡

        浊水溪：大城乡、云林县麦寮乡

        保力溪：车城乡

        朴子溪：东石乡

        猫罗溪

        拉布拉溪：太麻里乡

        大武溪：大武乡

        七里溪：枋山乡

        眉溪

        新虎尾溪：麦寮乡、台西乡

        急水溪：北门区

        鹿野溪

        旭海溪：牡丹乡

        安朔溪：达仁乡、大武乡

        前溪

        汉宝溪：福兴乡、芳苑乡

        浊水溪：彰化县大城乡、云林县麦寮乡

        水里溪

        清水溪

        文里溪（北太麻里溪）：太麻里乡

        旗山溪

        清水大排水沟（米粉寮溪）：清水区

        白水溪

        卡社溪

区

        合欢溪

        利嘉溪：台东市

        达仁溪：达仁乡

        屏东县

        拉库音溪

        志乐溪

        无水溪：满州乡

        陈有兰溪

        乌溪：台中市龙井区、彰化县伸港乡

        率芒溪（士文溪）：枋寮乡、枋山乡

        宝来溪

        南仁鬱溪：满州乡

        南兴溪：大武乡

        嘉义县

        菜寮溪

        七溪：七区

        大湖口溪

        枫港溪：枋山乡

        万丈深坑溪：满州乡

        刣牛溪：恆春镇

        员林大排：鹿港镇、福兴乡

        塔瓦溪：屏东县牡丹乡、台东县达仁乡

        社皆坑溪：车城乡

        郡大溪

        鹿寮溪：满州乡

        八掌溪：嘉义县布袋镇、台南市北门区

        旧浊水溪：福兴乡

        林边溪：林边乡、佳冬乡

        荖溪

        朝庸溪：大武乡

        社口溪

        高屏溪：高雄市林园区、屏东县新园乡

        大石盘溪（石盘溪）：枋山乡

        二林溪：芳苑乡

        云林县

        洋子溪（洋仔厝溪）：鹿港镇

        高屏溪：林园区、屏东县新园乡

        乾溪：牡丹乡

        浊口溪

        万大溪

        知本溪：太麻里乡、台东市

        美溪

        太麻里溪：太麻里乡

        九棚溪：满州乡

        典宝溪：梓官区、楠梓区

        牛挑湾溪：口湖乡

        南港溪

        埤日溪：满州乡

        将军溪：北门区、将军区

        港口溪：满州乡

        狮子溪：枋山乡

        港子溪：满州乡

        台东县

        番雅沟：线西乡、鹿港镇

        南湖溪

        卑南溪：台东市

        安良港大排（南势溪）：清水区

        彰化县

        曾文溪：七区、安南区

        四重溪：车城乡

        塔瓦溪：牡丹乡、台东县达仁乡

        十里溪：枋寮乡（地图未标示）

        鱼寮溪：大城乡

        太平溪：台东市

        溪仔口溪：满州乡

        重溪

        后港溪：芳苑乡

        乌溪：龙井区、彰化县伸港乡

        龙溪：布袋镇

        津林溪（加津林溪）：大武乡

        前镇河：前镇区

        丹大溪

        鹿耳门溪：安南区

        大溪：牡丹乡

        石牛溪：恆春镇

        高雄市

        阿公店溪：永安区、弥陀区